乐根鱼蛋白肥的适用范围极广，几乎所有作物都能使用，尤其适合对品质、口感要求高的经济作物和需肥量大的大田作物。从作物类型看，瓜果类（草莓、番茄、西瓜）使用后能提升果实甜度和着色度，减少畸形果；叶菜类（生菜、菠菜）能加快叶片生长，提高产量且不易纤维化；果树类（苹果、柑橘）在萌芽期、膨果期使用，可增强树势，减少落果，还能改善果实风味；大田作物（小麦、水稻）则能提升抗倒伏、抗病虫害能力，增加千粒重。
从生长阶段看，它在三个关键期使用效果最佳：一是苗期，此时作物根系脆弱，使用 500-800 倍液的水溶性乐根鱼蛋白肥灌根，能促进根系毛细根生长，提高幼苗成活率，比如蔬菜苗移栽后灌根，缓苗时间可缩短 2-3 天；二是花期，此时作物需消耗大量营养，叶面喷施 300-500 倍液，能促进花芽分化，提高授粉成功率，比如番茄花期喷施，坐果率可提升 15%-20%；三是膨果期 / 灌浆期，此时是营养积累关键期，冲施或滴灌颗粒型乐根鱼蛋白肥，能为果实提供持续营养，减少裂果、空心问题，比如西瓜膨果期使用，单果重量可增加 0.3-0.5 公斤，且糖度更均匀。
使用时需注意三个细节：一是浓度控制，不同作物对浓度敏感程度不同，叶菜类、苗期作物需用低浓度（800-1000 倍），果树、膨果期作物可用较高浓度（300-500 倍），避免浓度过高导致叶片灼伤或根系受损；二是使用时间，叶面喷施应选择清晨或傍晚，此时温度较低、叶片气孔张开，能提高吸收率，避免正午高温时使用，防止药液蒸发过快产生药害；三是搭配禁忌，乐根鱼蛋白肥呈弱酸性（pH 值 5.5-6.5），不宜与碱性肥料（如草木灰、氢氧化钙）或碱性农药混合使用，否则会导致蛋白变性失效，若需搭配其他产品，应先小范围试验，确认无沉淀、无反应后再大面积使用。
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